Abstract
Komposisi mikrobioma usus pada neonatus prematur dapat diidentifi kasi dari mekonium dan feses dengan teknologi Next-Generation Sequencing (NGS). Akan tetapi, perolehan DNA mikrobioma sampel mekonium dan feses memiliki tantangan karena konsistensi serta kandungan inhibitor PCR yang tinggi pada sampel tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengoptimasi perolehan DNA mikrobioma dari mekonium dan feses neonatus. Proses perolehan DNA dilakukan dengan menerapkan optimasi parameter yaitu pertimbangan tahap pra-ekstraksi yaitu replikasi dan kondisi sampel, penggunaan pilihan kit ekstraksi, dan tahap elusi DNA hasil ekstraksi. DNA genomik yang diperoleh dikuantifi kasi serta dikonfi rmasi menggunakan Polymerase Chain Reaction. Hasil optimasi terbaik berdasarkan pengamatan visual kualitas DNA dengan agaros gel dan transiluminator UV, maupun secara kuantitas yang diukur dengan spektrofotometer nano adalah dengan replikasi jumlah sampel sebanyak 2 kali lipat, menggunakan sampel mekonium dan feses yang segar, dan terlebih dahulu disuspensikan menggunakan ddH2O untuk tahap-tahap pra-ekstraksi. Kit terbaik untuk ekstraksi DNA adalah MP Biomedical Fast DNA Spin Kit for Soil, serta penggunaan dapar elusi dengan volume yang lebih sedikit untuk menghasilkan konsentrasi serta kemurnian DNA yang lebih tinggi. Dapat disimpulkan bahwa perolehan DNA yang andal terutama dari sampel mekonium berhasil teroptimasi untuk memenuhi kualitas dan kuantitas DNA untuk tahap selanjutnya dengan teknologi sekuensing mikrobioma.
Translated title of the contribution | Optimization of Microbiome DNA Yield Extracted from Meconium and Feces of Preterm Neonates to be applied in 16S rRNA Next-Gen Sequencing |
---|---|
Original language | Indonesian |
Pages (from-to) | 174-183 |
Journal | Jurnal Ilmu Kefarmasian Indonesia |
Volume | 19 |
Issue number | 2 |
DOIs | |
Publication status | Published - 1 Nov 2021 |